Michele Ciliberto si è formato nella Facoltà di Lettere e Filosofia dell’Università di Firenze, alla scuola di Eugenio Garin, sotto la cui guida si è laureato nel 1968 con una tesi sulla fortuna di Machiavelli. Subito dopo la laurea ha lavorato come borsista presso il Lessico Intellettuale Europeo, diretto da Tullio Gregory, per il quale ha preparato il Lessico di Giordano Bruno. Nominato nel 1971 assistente alla Cattedra di Storia della Filosofia della Facoltà di Lettere dell’Università di Firenze, ha insegnato a vario titolo prima nella stessa Università, poi in quelle di Trieste e di Pisa, dove ha diretto, dal 1996 al 2002, il Dipartimento di Filosofia.
Dal 2002 insegna alla Scuola Normale Superiore, dove è titolare della cattedra di Storia della filosofia moderna e contemporanea.
Dal 1996 è presidente dell’Istituto Nazionale di Studi sul Rinascimento; dal 1998 è Presidente di IRIS –Associazione di Biblioteche Storico-Artistiche e Umanistiche di Firenze.
E’ stato Presidente dei Comitati Nazionali per le Celebrazioni di Giordano Bruno, Marsilio Ficino, Benedetto Varchi, Giovanni Della Casa e Lodovico Castelvetro.